Такой характер оппозиции привёл Грозного к решимости уничтожить радикальными мерами значение княжат, пожалуй, даже и совсем их погубить. Совокупность этих мер, направленных на родовую аристократию, называется опричниной.
Суть опричнины состояла в том, что Грозный применил к территории старых удельных княжеств, где находились вотчины служилых князей-бояр, тот порядок, какой обыкновенно применялся Москвой в завоеванных землях.
И отец, и дед Грозного, следуя московской правительственной традиции, при покорение Новгорода, Пскова и иных мест выводили оттуда наиболее видных и для Москвы опасных людей в свои внутренние области, а в завоеванный край посылали поселенцев из коренных московских мест. Это был испытанный прием ассимиляции, которой московский государственный организм усваивал себе новые общественные элементы.
В особенности ясен и действителен был этот прием в Великом Новгороде при Иване III и в Казане при самом Иване IV. Лишаемый местной руководящей среды завоеванный край немедля получал такую же среду из Москвы и начинал вместе с ней тяготеть к общему центру-Москве. То, что удавалось с врагом внешним, Грозный задумал испытать с врагом внутренним. Он решил вывести из удельных наследственных вотчин их владельцев-княжат и поселить их в отдалённых от их прежней оседлости в местах, там, где не было удельных воспоминаний и удобных для их оппозиции условий; на место же выселенной знати он селил служебную мелкоту на мелко поместных участках, образованных из старых больших вотчин. К исполнению этого плана Грозный обставил такими подробностями, которые возбудили недоумение современников. Он начал с того, что в декабре 1564 года покинул Москву безвестно и только в январе 1565 года дал о себе весть из Александровской слободы. Он грозил оставить своё царство из-за боярской измены и остался во власти, по молению москвичей, только под условием, что ему на изменников "опала своя класти, а иных казнити, и животы их и статки (имущество) имати, а учинити ему на своём государстве себе опришнину: двор ему себе и на весь свой обиход учинити особной". Борьба с "изменою" была целью; опричнина же была средством. Новый двор Грозного состоял из бояр и дворян, новой "тысячи голов", которую отобрали так же, как в 1550 году отобрал тысячу лучших дворян для службы в Москве. Первой тысячи дали тогда подмосковные поместья; второй-Грозный даёт поместья в тех городах, "которые городы поймал в опришнину"; это и были опричники, предназначенные сменить опальных княжат на их удельных землях. Число опричников росло, потому что росло количество земель, забираемых в опричнину. Грозный на всем пространстве старой удельной Руси, по его собственному выражению, " перебирал людишек", иных "отсылал", а других "принимал". В течение 20 последних лет царствования Грозного опричнина охватила полгосударства и разорила все удельные гнезда, разорвав связь "княженецких родов" с их удельными территориями и сокрушив княжеское землевладение.
Княжата были выброшены на окраины государства, оставшиеся в старом порядке управления и носившие названия "земщины", или "земского". Так как управление опричнинскими землями требовало сложной организации, то в новом "дворе" Грозного мы видим особых бояр (думу) , особых "дворовых", дьяков, приказы, словом, весь правительственный механизм, параллельный государственному: видим особую казну, в которую поступают податные платежи с опричнинских земель.
Для усиления средств опричнины Грозный "поймал" в опричнину весь московский север. Мало-помалу опричнина разрослась до громадных размеров и разделила государство на две враждебных одна другой половины.
Ниже будут указаны последствия этой своеобразной "реформы" Грозного, обратившего на свою землю приёмы покорения чужих земель; здесь же заметим, что прямая цель опричнины была достигнута, и всякая оппозиция сломлена. Достигалось это не только системой принудительных переселений ненадежных людей, но и мерами террора. Опалы, ссылки и казни заподозренных лиц, насилия опричников над "изменниками", чрезвычайная распущенность Грозного, жестоко истязавшего своих поданных во время оргий, - всё это приводило Москву в трепет и робкое смирение перед тираном.
Тогда ёще никто не понимал, что этот террор большего всего подрывал силы самого правительства и готовил ему жестокие неудачи вне и кризис внутри государства. До каких причуд и странностей могли доходить эксцессы Грозного, свидетельствует, с одной стороны, новгородский погром, а с другой, вокняжения Симеона Бекбулатовича. В 1570 году по какому-то подозрению Грозный устроил целый поход на Новгород, по дороге разорил Тверской уезд, а в самом Новгороде из 6000 дворов (круглым счетом) запустошил около 5000 и навсегда ослабил Новгород.
За то он "пожаловал", тогда же взял в опричнину половину разоренного города и две новгородские пятины; а вернувшись в Москву, опалился на тех, кто внушил ему злобу новгородцев. В 1575 году он сделал "великим князем всея Руси" крещёного татарского "царя" (т.е. хана) Симеона Бекбулатовича, а сам стал звать себя "князем московским". Царский титул как бы исчез совсем, и опричнина стала "двором" московского князя, а "земское" стало великим княжением всея Руси. Менее чем через год татарский князь был сведен с Москвой на Тверь, а в Москве всё стало по-прежнему.
Можно не верить вполне тем россказням о казнях и жестокостях Грозного, которыми занимали Европу западные авантюристы, побывавшие в Москве; но нельзя не признать что террор, устроенный Грозным, был вообще ужасен и подготовлял страну к смуте и междоусобию.
Это понимали и современники Грозного; например, Иван Тимофеев в своем "Временнике" говорит, что Грозный, "божиими людьми играя", разделением своей земли сам "прообразовал розгласие" её, т.е. смуту.